Per quanto riguarda la definizione, alcuni definiscono il “microbioma” come un insieme di microorganismi coesistenti con il nostro corpo, organizzati a formare una sorta di comunità.

Un’altra definizione di  “microbioma” è quella di un vasto insieme di geni microbici coesistenti con il nostro organismo. Il microbioma umano (ovvero l’insieme di tutti i geni microbici presenti nel nostro organismo) può essere considerato come la controparte del genoma umano (ovvero l’insieme dei nostri geni). Il rapporto tra i geni del nostro microbioma e i nostri geni, umani, è sorprendentemente di circa 100:1.