En ce qui concerne la définition, quelques-uns définissent le « microbiome » comme un ensemble de microorganismes coexistants avec notre corps, organisés à former une sorte de communauté. Nous et autres Auteurs préférons interpréter le mot « microbiome » comme un vaste ensemble de gènes microbiens coexistant avec notre organisme.

Le microbiome humain (c’est-à-dire l’ensemble de tous les gènes microbiens présents dans notre organisme) peut être considéré comme la partie adverse du génome humain (c’est-à-dire l’ensemble de nos gènes). Le rapport entre les gènes de notre microbiome et nos gènes, humains, est de façon surprenante d’environ100:1.