En cuanto a la definición, algunos definen el “microbioma” como un conjunto de microorganismos coexistentes en nuestro cuerpo, organizados para formar una comunidad. Nosotros y otros autores preferimos interpretar la palabra “microbioma” como un amplio conjunto de genes microbianos coexistentes en nuestro organismo. El microbioma humano (o sea el conjunto de todos los genes microbianos presentes en nuestro organismo) puede ser considerado como la contraparte del genoma humano (o sea el conjunto de nuestros genes.) La relación entre los genes de nuestro microbioma y nuestros genes, humanos, es sorprendentemente de casi  100:1.