Was die Definition angeht, bezeichnen einige das „Mikrobiom“ als eine Gesamtheit von mit unserem Körper koexistierenden Mikroorganismen, die eine Art Gemeinschaft bilden. Wir selbst und andere Autoren ziehen es vor den Begriff „Mikrobiom“ als eine grosse Gesamtheit von mikrobiellen Genen, die mit unserem Organismus koexistieren, zu interpretieren.

Das menschliche Mikrobiom (oder die Gesamtheit aller in unserem Organismus vorhandenen mikrobiellen Gene) kann als Gegenstück des menschlichen Genoms (genauer gesagt der Gesamtheit unserer Gene) angesehen werden. Das Verhältnis zwischen den Genen unseres Mikrobioms und unseren eigenen, menschlichen Genen ist erstaunlicherweise ungefähr 100:1.